Zwar wurden auf Druck der Bauernverbände und der eingereichten Standesinitiativen aus der Zentralschweiz einige Anliegen der Landwirtschaft im Gewässerschutzrecht aufgenommen. Der Zentralschweizer Bauernbund (ZBB) bedauert aber, dass bezüglich der Dimensionierung der Gewässerräume noch keine vernünftige Korrektur erreicht werden konnte. Die starre Regelung der Verordnung, führe in der ­gewässerreichen Zentralschweiz zu einem enormen Verlust von landwirtschaftlicher Nutzfläche, welche nicht mehr der Produktion von heimischen Lebensmitteln zur Verfügung stünde. Der ZBB verlangt nun, dass der Gewässerraum nicht überproportional mit der Gerinnesohlenbreite zunehme. Ebenso solle für kleine Gewässer bis zwei Meter kein Gewässerraum festgelegt werden. 

Nicht akzeptabel sei zudem der Vorschlag des Bundesamts für Umwelt, dass ackerfähiges Kulturland im Gewässerraum weiterhin der Fruchtfolgefläche angerechnet werden könne. Dieser Vorschlag widerspreche dem Willen des Parlaments. Bezüglich der Schutzzonen begrüsst der ZBB die vorgesehenen Lockerungen im Karstgebiet, wobei er aber die Anpassungen innerhalb der heutigen Artikel verlangt. Zusätzlich stellt er den Antrag, dass auch bauliche Eingriffe in der Schutzzone eins möglich sein sollen, sofern eine Beeinträchtigung der Trinkwassernutzung ausgeschlossen werden kann. Gerade in topografisch sehr schwierigem Gelände könne es unumgänglich sein, dass ein Maschinenweg, welcher neu planerisch in die Schutzzone eins fällt, weiterhin benutzt werden müsse, argumentierte er.

fp