Am 1. Juli 2020 soll Gilberto Pasinelli die Nachfolge von Lukas Jenni übernehmen. Er war bisher Stellvertreter von Lukas Jenni. Zudem ist Pasinelli Privatdozent für Ökologie und Naturschutzbiologie an der Universität Zürich und war Präsident der Ala, Schweizerische Gesellschaft für Vogelkunde und Vogelschutz. Somit sei er bestens qualifiziert als Wissenschaftlicher Leiter, wie die Schweizerischen Vogelwarte Sempach in einer Mitteilung schreibt. Matthias Kestenholz übernimmt zudem den Vorsitz in der Institutsleitung.